| ORG-0001 | 脑叶公司 (Lobotomy Corporation) | 翼/公司 | EVT-0002, EVT-0003, EVT-0004, EVT-0005, EVT-0006, EVT-0007 | confirmed | 提取异想体能源（脑啡肽），执行光之种计划。光释放后崩溃。 |
| ORG-0002 | 图书馆 (The Library) | 特殊组织/地点 | EVT-0008, EVT-0009, EVT-0010, EVT-0012, EVT-0016 | confirmed | 由 Angela 从光中创建，通过接待战斗收集书籍。后被首脑流放至郊区。 |
| ORG-0003 | 边狱公司 (Limbus Company) | 公司 | EVT-0017, EVT-0018 | partial | 组织巴士部门搜寻脑叶公司设施中的金枝。 |
| ORG-0004 | 首脑 (The Head) | 统治机构 | EVT-0001, EVT-0015 | confirmed | 由 A Corp、B Corp、C Corp 组成，管理都市秩序，执行禁忌规则。 |
| ORG-0005 | 残响乐团 (Reverberation Ensemble) | 团体/临时联盟 | EVT-0012, EVT-0014 | confirmed | 由 Argalia 召集的扭曲者和强人组成的团体，入侵图书馆。 |
| ORG-0006 | Hana 协会 (Hana Association) | 协会 | EVT-0001 | confirmed | 负责收尾人等级评定和执照管理。 |
| ORG-0007 | 收尾人体系 (Fixers) | 职业群体 | EVT-0001 | confirmed | 都市中接受委托从事各类任务的自由职业者，分等级 9-1。 |
| ORG-0008 | Project Moon | 开发工作室 | — | confirmed | 韩国独立游戏工作室，2015 年由 Kim Jihoon 创建。开发 Lobotomy Corporation、Library of Ruina、Limbus Company。 |
| ORG-0009 | Seven 协会 (Seven Association) | 协会 | EVT-0001 | confirmed | 以情报收集与分析为主要职能的协会，是收尾人行业信息网络的一部分。 |
| ORG-0010 | 臼齿事务所 (Molar Office) | 事务所 | EVT-0001 | partial | 与特定委托和技术/打捞类行动相关的收尾人事务所。具体细节以游戏内文本为准。 |
| ORG-0011 | 五指 (The Five Fingers) | 辛迪加体系 | EVT-0001 | confirmed | 后巷中最具代表性的五大辛迪加格局，包括拇指、食指、中指、无名指和小指。 |
| ORG-0012 | 拇指 (The Thumb) | 辛迪加 | EVT-0001 | confirmed | 五指之一，以军事化等级和严苛秩序著称。 |
| ORG-0013 | 食指 (The Index) | 辛迪加 | EVT-0001 | confirmed | 五指之一，成员遵从“指令”行动。 |
| ORG-0014 | 中指 (The Middle) | 辛迪加 | EVT-0001 | partial | 五指之一，重视家族式纽带、忠诚和复仇。 |
| ORG-0015 | 无名指 (The Ring) | 辛迪加 | EVT-0001 | partial | 五指之一，以艺术化暴力和实验性创作闻名。 |
| ORG-0016 | 小指 (The Pinky) | 辛迪加 | EVT-0001 | partial | 五指之一，公开资料较少，具体组织结构待复核。 |
| ORG-0017 | 摩西事务所 (Moses’ Office) | 事务所 | EVT-0019, EVT-0020 | partial | 摩西与以斯拉运营的扭曲调查事务所，以委托形式处理扭曲个案。 |
| ORG-0018 | 巴士部门 (LCB) | 边狱公司部门 | EVT-0017, EVT-0018, EVT-0024 | confirmed | 边狱公司的前端行动单位，负责金枝回收与外派任务。 |